中国科学院海伦农业生态实验站始建于1978年，25年来，实验站在科学研究和为农业生产服务方面，取得了丰硕成果，成为中国科学院黑土生态研究基地。但是由于多年经费短缺，基础设施年久失修，房屋建筑90%漏雨，水、电和道路处于半瘫痪状态，其使用性能已不能满足飞跃发展的科研需求，2001年12月，陈宜俞副院长视察海伦站后，亲自批准新建一座1300平方米综合实验楼，该工程于2001年8月开工。原黑龙江农业现代化所和原长春地理所整合后，新的领导班子把海伦站工作提到新所的重要位置上，将海伦站长期发展目标确定为： 1、CERN黑土区农业生态系统长期定位监测、研究和示范基地；

2、黑土区农业生态系统研究基地；

3、黑土农业生态科学人才培养基地；

4、国际黑土农业生态合作研究基地；

5、中科院农业高新技术示范推广基地。