浙江中医药大学基础医学院(原基础部)成立于1984年，1999年组建基础医学系，2006年更名为基础医学院至今。学院目前有教职工89人，其中正高职称者26人，副高职称者31人；具有博士学位者23人，硕士学位者30人。拥有中医、西医基础类10个教研室；两个教学实验中心，一个科研实验室；2006年《金匮要略》课程被评为国家级精品课程，2007年中医临床基础学科被评为国家重点学科。

全国优秀教师1人，省级教学名师2人，校级教学名师4人，校级教坛新秀2人；浙江省151第一、第二层次人才培养对象3人，浙江省高校中青年学科带头人2人。

学院连续多年被评为校工作先进单位，2006年学院被评为浙江省高校“三育人”先进集体，同年学院党总支被评为校先进基层党组织。