内设办公室（计划财务科）、人事教育科（监察审计科、精神文明办公室）、业务科技科、政策法规科4个职能科（室）。设漳州市气象台（漳州市海洋气象台）、漳州市气象科技服务中心、漳州市防雷中心（漳州市避雷装置安全监测所）、漳州市专业气象台4个直属单位。龙海市气象局、漳浦县气象局、云霄县气象局、东山县气象局、诏安县气象局、南靖县气象局、平和县气象局、华安县气象局、长泰县气象局等9个县（市）级气象局和天宝热作气象试验站。