枣庄市人民检察院下辖滕州、市中、薛城、峄城、台儿庄、山亭等6个县（市、区）检察院，市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处、行政装备处、信息管理处、人民监督员办公室、离退休干部处、机关党委、监察处等19个内设机构。目前，市院共有编制167个，实有158人。

近年来，该院紧紧围绕“强化法律监督，维护公平正义”主题，全面推进队伍、业务、信息化“三位一体”建设；坚持以人为本，素质兴检，大力开展正规化培训和岗位练兵，苦练基本功，不断提升检察队伍的法律监督能力，案件准确率连续多年保持100%；坚持“三个至上”的执法理念，忠诚履行检察职能，把每一执法行为作为服务发展、保障民生、维护稳定的生动实践，其严格公正文明执法、人性化办案的做法在全省推广；积极探索建立检察工作科学发展考核机制，制定“单项工作争第一、整体工作创一流”的奋斗目标，科学制定工作计划和措施，实现检察工作的全面发展；始终坚持以创新促发展，把“求突破、抓亮点”作为衡量工作成效的一个重要标准，极大地激发了干警干事创业的积极性和创造性，职务犯罪查办和预防、量刑建议公诉改革、规范化建设、人民监督员试点、队伍建设等20多项工作走在了全省、全国的前列。多年来，该院以辉煌的业绩赢得了上级院和当地党委、人民群众的广泛赞誉，市院先后八次被省院荣记集体一等功，滕州市院、市中区院分别获得全国先进基层检察院和全国“规范化建设示范院”称号；涌现出 “全国十大杰出检察官”、全国人大代表、全国“五一”劳动奖章获得者傅延华、“全省十大杰出青年”王爱华、全省十大杰出青年卫士张西明等一大批先进典型，中央电视台《焦点访谈》、《新闻联播》等栏目先后5次播放了枣庄检察工作先进事迹。2006年，市院获得全国检察机关“基层院建设组织奖”。在全省检察机关综合考评中，2006、2007年连续两年名列前茅，被省院荣记集体一等功； 6个区（市）党委连续三年全部作出了向当地检察院学习的决定。