运城市疾病预防控制中心位于红旗西街376号，其前身为运城市卫生防疫站，1981年12月由省编委批准为县级机构，2003年12月更名为“运城市疾病预防控制中心”，隶属于运城市卫生局领导。中心现有在职职工110人，其中副主任医师以上18人（其中主任医师4人），中级职称38人，初级职称32人，学历结构为：大学本科学历20人，大专学历43人，中专学历32人。

中心实行主任负责制，现有领导职数为：主任1人，总支书记1人，副主任2人。下设19个科室，其中职能科室5个，分别为办公室、党办、总务科、财务科、业务科；业务科室14个，分别为免疫规划科、传染病防治科、生物制品管理科、结核病防治科、性病艾滋病监督科、消毒杀虫科、综合卫生科、检验一科、检验二科、检验三科、门诊部、健康教育科、信息管理科、地方病防治科。