根据《中共玉溪市委、玉溪市人民政府关于玉溪市市县乡机构改革的实施意见》（玉发[2001]44号），玉溪市科学技术委员会更名为玉溪市科学技术局，加挂玉溪市知识产权局牌子。玉溪市科学技术局是主管全市科学技术工作的市政府工作部门。

一、职能调整

划入编制重大科技攻关、工业性试验和重点实验室项目计划的职能。

二、主要职责

（一）认真贯彻执行党和国家的路线、方针、政策和法律、法规，研究科技发展和知识产权保护方面的规范性政策措施，制定全市科技发展和知识产权保护年度计划和中长期发展规划并组织实施。

（二）综合管理全市科技成果、科技奖励、科学技术工作，编制部门经费预、决算，管理和监督市级科技三项费和其他专项资金的使用，研究多渠道增加科技投入的措施。

（三）负责高新技术产业化和先进适用技术的开发应用以及高新技术企业认定的审核上报，综合管理省级、国家级高新技术企业和国家级、省级星火技术密集区的建设工作。

（四）广泛开展同省内、外大专院校、科研院所的科技合作与交流，组织实施省、市院校科技合作项目。

（五）组织专家对先进技术的引进、重大技术改造、重点科技建设项目进行前期调研、评估和论证。

（六）研究科技人才资源的合理配置，制定科技人才队伍建设的规划、政策、措施，组织开展中青年学科带头人的选拔、培养和引进工作。

（七）组织开展民营科技工作，指导和协调各县（区）、各部门、各行业的科技创新，会同有关部门开展市、县（区）党政一把手科技目标责任管理考核。

（八）负责全市生物医药产业开发工作，指导和协调全市农业区域区划发展工作。

（九）负责协调和指导全市科学技术普及工作的规划和年度计划。

（十）组织开展全市科技宣传、科技培训、科技信息、科技保密、科技档案、科技统计等管理工作。

（十一）承办市委、市政府和省科技厅交办的其他工作。

三、内设机构

根据上述职责，市科学技术局内设6个职能处室（正科级）：

（一）办公室

负责局机关政务、党务工作的查办督办；负责科技宣传、科技培训、科技信息、科技保密、政策法规和科普工作；负责学科带头人、软科学项目管理；负责全市科技成果的申报、验收、评审、评定、管理和科学技术奖励工作；负责文书、档案、人事、信访、安全保卫、后勤事务等工作；积极开展科技政策、措施的调研；编制相关科技工作的年度计划和中长期发展规划。

（二）计划财务处

负责市级科技专项资金及局机关财务；负责机关干部职工的医保、社保工作；负责全市科技统计管理；编制科技发展年度计划和中长期规划以及科技计划项目指南。

（三）工业科技处

负责工业科技项目的申报、实施、管理和验收鉴定；负责科技型中小企业技术创新、优质农产品加工开发示范专项基金的项目申报、实施管理；负责技术市场和技术合同的认定、登记、统计；负责玉溪市电子信息产业发展工作；组织高新技术企业认定的审核上报；指导全市工业技术进步和企业技术创新体系建设；编制工业科技的年度计划和中长期发展规划。

（四）农业科技处

负责农业科技项目的申报、实施、管理和验收鉴定；组织开展科技扶贫、农科教统筹、农村智力开发；负责农业区划和农业高新技术示范园区的建设工作；研究提出科技促进农业与农村发展的规划及政策措施，协同有关部门推动农医企业科技进步、技术创新；编制农医区划科技年度计划和中长期发展规划。

（五）科技合作处

负责国际国内科技合作、市院市校科技合作项目的申报、实施、管理和验收鉴定；负责民营科技项目的申报、实施、管理和验收鉴定；组织开展县（区）党政一把手科技进步目标责任管理考核和奖励；研究提出科技合作、科技促进社会发展的政策措施；编制科技合作的年度计划和中长期发展规划。

（六）知识产权处

负责知识产权工作的宏观管理，指导行业知识产权工作的开展；指导县（区）专利执法、保护和企事业单位、部门的专利工作；负责专利市场的规范和管理；开展知识产权的宣传与培训；贯彻执行国家有关专利的法律、法规、方针、政策，研究提出并起草地方性规章和政策措施的意见并组织实施;编制知识产权工作的年度计划和中长期发展规划。