1974年毕业于同济医学院医疗系，1990年研读于第一军医大学硕士课程班。1993年起在担任儿科主任期间，儿科先后获得总后勤部后方基地及医院嘉奖十余次，被武汉市卫生局授予“先进个人”，医院“十佳科技明星”等光荣称号。担任中国儿童哮喘联盟湖北省儿童哮喘防治协作组副组长、中华医学会武汉分会儿童学会常务委员等职，并长期担任第一军医大学儿科学兼职教授。余晓军教授从事儿科临床三十五年，对儿科常见急危重症的诊断、抢救等有丰富的经验。

特别擅长于重症新生儿的诊治，对新生儿窒息、肺炎、缺氧缺血性脑病以及早产儿的救治具有丰富的经验。先后获得军队、总后及医院等各级医疗成果奖四十五项，先后发表各级论文39篇，参编著作4部。