清水埠位于瓯江与楠溪江的交汇处，此地原属三江、江北、黄田三乡，初为凄凉蛮荒之地，经常有盗贼出没，故名“贼岙”。此地靠江边有一清泉，名曰“清水泉”。旧时来往江上的渔夫、船夫时常停靠于清泉下来此取水，此“清水泉”名声在外。在民国初年，有洋人与买办在此附近建洋油站，为往来运输便利，后又筑埠头，因埠头建在此泉下，埠以泉名，故曰“清水埠”。

1932年，丽水至清水埠，江头至泽国两条公路建成通车。在建国后，又通了仙清公路。清水埠一时热闹了起来，在上个世纪60年代起，大批的国有工厂、粮站、仓库又陆陆续续的安排在此地，104国道上清水埠至江头的车渡开通了，清水埠至温州的人渡开通了，清水埠车站也建了起来，清水埠车站发往县内的，省内的，国内的班车陆续也多了。人员与物资开始在此地聚拢，那时来往于江两岸的汽车排起了长龙，来往于永嘉与温州的人流是熙熙攘攘，清水埠也到了其发展的鼎盛时期，此地成了永嘉县的交通要地。

1981年清水埠正式设镇，镇以埠名，名“清水埠镇”。同时管辖罗浮、花岙（花泥岙）2村。人口近万人。1986年3月清水埠楠溪江大桥正式通车，天堑变通途，来往于104国道上的车流也变得通畅了许多。但清水埠也开始走下坡路了。1989年，清水埠镇与江北乡合并，设立“瓯北镇”，取“位居瓯江北面”之意。1996年，现行在用的瓯北码头正式投入使用，取代了温州安澜亭—清水埠的轮渡，清水埠码头只作为当地人员来往于温州的轮渡码头，从而也结束了清水埠在永嘉交通中的地位。