2006年3月，苏格兰第一部长Jack McConnell和中国教育部部长周济就在苏格兰建设孔子学院发表联合声明。2006年7月，国家汉办与爱丁堡大学签署孔子学院合作协议。复旦大学是该孔子学院的中方承办院校。

爱丁堡大学提供了一幢修缮后的苏格兰风格两层建筑Abden House作为孔子学院专用场所。该孔子学院旨在促进和发展苏格兰的汉语教学，加强苏格兰对中国文化的研究，增进苏格兰各院校机构与中国在语言、教育、文化和商业等领域的交流。

爱丁堡大学孔子学院得到了苏格兰政府、苏格兰皇家银行、中国驻英使馆、中国驻爱丁堡总领馆等的大力支持，与英国政府教育部门、苏格兰-中国教育网络、圣乔治学校、“48家集团”及苏格兰部分商务贸易组织建立了合作关系。