差别定价是指政府价格主管部门对符合资质的企业生产的特定药品的定价行为，即在执行统一定价原则的基础上，对特定药品根据药品质量高低制定不同的价格。定价的范围仍然是政府定价药品，实行最高限价管理，允许企业在最高限价内自主定价。

试行差别定价的主要意义在于激励药品研发创新，让追求质量的企业得到合理的回报，促进新型药品的研发和生产。同时通过价格手段扶强汰弱，加速推进医药企业的整合，实现医药产业做大做强的发展目标。

药品差别定价不等同于公立医院“差别加价”，物价局强调这两个概念的区别。“差别加价”是指医院药品销售加成政策，即医院按照药品购进价格来进行差别加价，进价高的药品加价率低一些，进价低的药品加价率可以从高。