盐城国家级珍禽自然保护区管理处具体负责保护区的统一管理工作。其主要职责是：

1、宣传贯彻执行国家有关自然保护的方针政策和法律、法规；

2、制定保护区各项管理制度；

3、负责保护区总体规划的实施；

4、组织、配合有关部门开展保护区的科学研究和生态环境监测，建立科技资料信息档案，探索合理利用自然资源的途径；

5、遵循自然规律，实施生态工程，保护生物种源，恢复和优化生态环境；

6、审核入区手续，负责对入区人员及其行为的管理和指导；

7、在保护优先的原则下，组织开展生态旅游活动；

8、依法查处或督促有关部门查处破坏自然资源和生态环境的案件。