烟台市人民检察院下辖芝罘、福山、牟平、莱山、长岛、龙口、莱阳、莱州、蓬莱、招远、栖霞、海阳12个县（市、区）检察院和开发区院1个派出检察院。市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉一处、公诉二处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、检察委员会办公室、警务处、监察处、机关党委、行政装备处等18个内设机构。市院共有编制160个，实有154人。

近年来，该院在烟台市委和上级检察院的正确领导下，认真贯彻落实科学发展观，积极践行社会主义法治理念，紧紧围绕“强化法律监督，维护公平正义”的检察工作主题，扎实工作，开拓进取，为维护社会稳定、促进社会和谐作出了积极贡献。该院连续十三年被烟台市委、市政府评为市直机关先进集体，被山东省委、省政府评为“山东省政法系统先进集体”，被山东省委政法委、省人事厅评为“公正执法先进单位”。连续五年被省院授予集体一等功，被评为“全省检察系统先进集体”， 被最高人民检察院记集体一等功，授予“基层检察院建设组织工作奖”、“全国检察机关信息化工作先进单位”、“全国检察机关集中整治涉检信访问题专项活动先进集体”。该院控告申诉检察处于2001年被高检院授予全国控申举报文明接待室称号，2004年被高检院授予全国检察机关“文明接待示范窗口”称号。