亚太医药企业联合会成立于2000年7月，总部设在北京，为国际性非赢利性组织，现任会长是原国务院原副秘书长张镜源。目前，已有25个国家和地区，201个团体会员。

亚太医药企业联合会下设秘书处，为日常工作机构。秘书处目前设有综合办公室、学术部、财务部、科技与标准部、资格考试部、国际培训部、亚太人才交流服务中心、国际联络与信息部、翻译部、项目管理、奖励办公室等工作部门。

为了发展学术，辐射、带动亚太医药界的学科建设，专业委员会的设立是亚太医药企业联合会的重点工作之一。为了便于决策与协调，本会还设立了标准化建设委员会、考试与测评委员会、道德委员会、教育指导委员会、临床工作委员会、科技发展委员会等咨询协调机构。主要负责各个业务领域的工作研究、咨询与协调。

本会的宗旨是增进亚洲各国（地区）医药团体之间的了解与合作，加强亚洲各国（地区）的学术交流，提高医药业务水平，推动医药学各领域间的交流与合作，为人类的健康做出更大贡献。本会的主要任务是：制定并发布与中医药有关的国际行业标准，并以此为基础，开展国际认证。开展各类学术活动，促进世界各国医药团体之间的交流与合作，发展学术，培养人才；组织医师、技师的资格（水平）国际考试，有利于提高从业人员的水平，确立学术地位；开展国际培训、人才交流、远程会诊，旨在提高医药队伍的整体素质和学术水平。

本会积极致力于推动亚洲医药领域的国际交流、传播与发展。在全体会员的努力下，将逐步成为医药国际化战略的研究基地。