亚基因化（subgenomic RNA）是正链RNA病毒基因表达最常见的模式。大多数病毒基因组RNA功能上是单顺反子，只有5'端那个顺反子能够直接表达，亚基因化表达是其他顺反子表达的重要途径。亚基因组RNA是在病毒感染细胞后复制产生的一系列较基因组RNA小的mRNA分子，它使病毒基因组RNA上的其他顺反子得以表达。一些亚基因组RNA如BMV的RNA 4、CMV的RNA 4等可以被包裹在成熟的病毒粒子中，也有些亚基因组RNA不出现在成熟病毒中，如TMV外壳蛋白亚基因组RNA，这主要决定于亚基因组RNA上是否存在病毒装配时为外壳蛋白识别的序列。