巡抚军门辖标前营、标左营、标右营、标后营、标前游、标左游共4营2游，设游击1人统领。各营、游皆设名色把总1人领兵。遇汛，标前营防守省城，其余分守沿海要地，如长乐魁洞墩，闽县闽安镇、侯官云岭关、连江馆头墩及东庠墩、罗源濂澳、宁德鉴江等地。

标前营

万历四年(1576年)设，领浙兵(戚继光训练的8000名义乌兵自浙江来援，平倭后留戍，称浙营)。设把总1人，哨官4人，哨长、高招手共17人，队长、书记共49人，兵丁、杂流共513人，官兵共584人。万历三十五年(1607年)裁减后定额450人(以下各营、游均同，从略)。

标右营

万历十年(1582年)设，领浙兵。设官与标前营相同，合计官兵员额576人。

标左营于隆庆元年(1567年)、标后营于万历二十一年(1593年)设，均领土兵(为抗倭，招募各郡之民加以训练，统以将领，称土营)。官兵职数员额与标右营同。

标前游、标左游，均万历二十五年(1597年)设，领浙兵，官兵职数员额与标右营同。