白云洞在很久前就有道观、寺庙，秦汉以来历代文人、武士在洞内、外所留遗迹较多，民间传说甚多。日本侵华时期曾被日军作为弹药库，洞口浅层遗迹曾被严重破坏…

九里山白云洞为晚寒武世薄层白云质灰岩断层破碎带水蚀的裂隙洞，规模不大但延伸甚深。1994年，九里区拾屯乡开发白云洞时，从洞内裂隙处浅层的粘土堆积层中发现大量化石，其中有十数个人类头盖骨（已被鉴定为智人头骨化石）。

中更新世晚期堆积层中出土数以千计的古哺乳动物化石，并有部分骨器、打制石器、疑似火烧遗迹发现。部分化石经中科院古脊椎动物与古人类研究所周口店国际古人类研究中心、中科院南京地质古生物研究所专家鉴定，分属三门马、中国鬣狗、李氏野猪、葛氏斑鹿、肿骨鹿、羚羊（未定种）、熊（未定种）、牛（未定种）等3目6科8属8种古哺乳动物化石…。致2005年一期发掘结束时，白云洞已深挖致距洞口地坪-40m左右，新的化石不断被发现。