主要指由于植物花的结构与传粉者形态结构不协调而造成的交配受精障碍。例如，大红吊钟柳，花红色，有细长的管状花冠；山吊钟柳，花蓝色，有较大的钟状花冠。二者在人工授粉时能形成杂种，但在自然条件下，前者以其红色光和红外光招引蜂鸟，管状的花冠对蜂鸟细长的喙也相适应；后者以蓝紫光与紫外光招引蜂类，钟状花冠也适于蜂类采蜜，但二者之间不能相互授粉。这样，它们的花色和结构，便构成了物种间的隔离而阻止了基因的交流，此即为形态隔离。