新生儿期生理状况的迅速改变明显影响抗生素的药代动力学和毒理学特性,因此有必要计算药物的剂量经验性治疗常在细菌培养和抗生素药敏试验得到结果前开始,通常是氨苄青霉素和一个氨基糖苷类药物的联合使用,或者在适当时氨苄青霉素和一个广谱的能很好地渗透进入脑脊液的头孢菌素联合(新生儿败血症).婴儿室内微生物的流行和对抗生素的耐药资料有助于对治疗的选择.如果出现皮肤病损或怀疑有医院内感染,建议加用覆盖葡萄球菌的药物.尽管如此,药效强的广谱抗生素如新的头孢菌素能引起剧烈的肠内菌丛变化,出血性疾病,细菌耐药显现以及酵母菌或肠球菌的超级感染。

抗生素的吸收　由于新生儿血管运动不稳定,在严重细菌感染时,导致无法预计皮下或肌内给药的吸收状况.因此如果可能,对严重感染者应经静脉给药.口服抗生素可用于感染不严重的病儿.

抗生素的分布　新生儿细胞外液占体重的45%,就体重而言,需要某种药物的剂量相对比成人大(如氨基糖苷类).早产儿血清白蛋白浓度低,由于减少了抗生素与蛋白的结合而影响到药物的分布.药物替代胆红素与白蛋白结合(如磺胺,头孢三嗪)可能增加核黄疸的危险性.

抗生素的代谢和排泄　新生儿某些酶的缺乏或缺陷可延长某种药物的半衰期,并有增加其毒性的危险性,例如：肝葡萄糖醛酸转移酶活性的不成熟减少了与氯霉素的结合,导致血浓度的延长和升高,可引起心血管衰竭和死亡(灰婴综合征).如果可能,应避免使用氯霉素,否则必须监测药物血浓度,特别在同时使用利副平,苯巴比妥或者对乙酰氨基酚时,因为可造成对肝脏代谢的干扰.肾小球滤过率和肾小管分泌功能的下降,增加了青霉素和氨基糖苷类的半衰期,在生后6个月内应根据肾功能变化调整这些抗生素的剂量.