新疆农科院吐鲁番长绒棉研究所(吐鲁番地区农业科学研究所)，其前身吐鲁番棉作试验站始建于1954年，1976年扩建为新疆农科院吐鲁番长绒棉研究所。是全国唯一的以研究长绒棉、陆地棉为主的综合性研究所，主要开展葡萄、棉花、高粱（甜高粱）等作物的育种、栽培研究和技术推广服务工作。于2000年与农科院园艺所联合建立了西甜瓜育种基地，重点开展西甜瓜的育种与栽培技术研究。2000年被国家农业部定为“重点地区农科所”。

在“七五”、“八五”期间，获国家科技进步奖3项、自治区科技进步奖7项、自治区农业适用技术推广奖2项、地区奖10多项；“九五” 、“十五”期间，先后承担国家、自治区和吐鲁番地区的科研、推广项目七十多项，获自治区科技进步二等奖1项、自治区农业适用技术推广奖2项、地区科技进步奖4项，育成通过国家和省级审定品种11个，部分成果达到国内先进水平。