香港特别行政区经中央人民政府授权继续进行船舶登记，并根据香港特别行政区的法律，以“中国香港”的名义颁发有关证件。香港特别行政区保持原再香港实行的航运经营和管理体制，依据国际公约和各国法律规定。对船舶所有人、经营人、船名、船舶技术性能数据等内容进行登记，也包括有关海员的管理制度、登记机关的所在地等。登记机关所在地即称为船舶登记港，即为船籍港。

香港船舶登记制度已有超过150年历史，由隶属于香港特别行政区政府海事处的香港船舶登记总署专门实施船舶检测。香港登记注册服务范围主要是：船舶临时和永久注册登记；临时和永久注册船舶的抵押注册登记；转管租约船舶的注册登记。目前，香港注册的远洋船舶已经超过5300万总吨。与传统“方便旗”注册地不同，香港政府在吸引海外船舶注册时不是单方面强调低税制度的优越性，而是突出香港优质的海事服务和船舶安全质量控制。香港海事处只承认国际船级社合会十个成员中的九个，俄罗斯船级社至今尚未被承认。在香港注册的船舶须符合《船旗国品质管理》系统的要求，系统通过电脑信息系统来监察香港注册船舶的品质。根据电脑数据库储藏资料的分析结果，海事处会对有品质怀疑的船舶进行检验，以确保香港注册船舶的安全质量。若香港注册船舶因严重缺陷而被港口国监督检查滞留或遭遇严重意外，该船会因此被香港海事处要求进行《船旗国品质管理》检查，并视情节对该船的船舶管理公司进行审核，而船东则将承担所有的检查和审核费用。在严把质量关的同时，为了鼓励船舶长期在香港注册，海事处自2006年2月1日实施香港注册船舶吨位年费减免计划。根据该计划，香港注册船舶如持续在香港注册两年，并在该两年内从未有在港口国监督制度下的滞留记录，可获减免随后一年的吨位年费六个月。这种奖励先进、排除落后的政策势必鼓励船东加强船舶安全管理，形成一种优胜劣汰的良性循环机制。在注册手续方面，香港船舶注册对中国船东来说可谓方便之极。首先，地理位置上的方便无庸赘述；其次，语言上的方面，海事处注册官均可以国语与船东交流，所有申请、登记表格几乎都是中英文对照，比起西班牙文的巴拿马登记注册方便得多；最后，也是最重要的是，登记手续简便易懂，注册官员的服务意识强和服务态度好。此举一方面鼓励长期客户船东的积极性，更让他们感觉和触摸到在香港真注册登记船舶的种种优惠，进一步巩固香港的国际航运中心地位；另外一方面也鼓励船东管理船舶管理，严格遵循港口国和国际法律法规。