本斋清真寺始建于明永乐二年（公元1404年）。据本斋村马氏家谱记载，马氏家族老祖马刚是一个回族将领，在燕王扫北时，率领三子由南京水西门外二龙港随军来到河间府，后其长子马广庆到河间东南定居，建村为辛中营（清康熙年间改为东辛庄，现为本斋村）。为进行教务活动即上书朝廷请建清真寺，取得皇帝御旨后，动工兴建。初建时只有一个大殿和讲堂，以及简陋的沐浴室。明神宗十一年，又进行过一次扩建。清乾隆二十八年，东辛庄马氏考中武状元（本斋马氏家族具有尚武精神，历代多立有战功），乾隆皇帝又下御旨扩建东辛庄清真寺，并责令河间知府黄岳牧督建。这次扩建了大殿前厅，殿前修抱厦，明三暗六，十六棵合柱抱明拄，光泽耀眼；抱厦瓦脊琉璃晶莹明亮；两条巨龙条瓦脊左右探海，两侧飞檐高高翘起；抱厦下悬挂名人题词、牌匾，抱厦中央有大门和左右偏门通往大殿，大门上挂有康熙皇帝的御旨敕令，令文武百官到此要致以敬意。正门上额有“洁净精微”、“独一无二”两块横匾。两侧立匾，上联是：“掌握天人，用著于万象形成之后，大无外，小无内，莫非本体之流贯”，下联是：“纲维理数，体立于二气未肇之先，前无始，后无终，总是妙用之弥纥”，上款为“乾隆二十八年”，落款是“河间知府黄岳牧熏洒敬书”。大殿内有南亲王横幅题词： “崇德日新”。光绪二十六年，又自筹资金扩建一次，在大殿后面扩建了三层高二十五米、底层占地几间的窑殿。还新建有东大门，门上额悬光绪书“清真寺”横匾。1933年，由清真寺教长主持组织穆斯林捐款，再一次进行粉刷，并在寺内修建小学堂一所，扩建了沐浴室等。

本斋清真寺先后经过三次扩建，一次修复，已初具规模，成为一座蔚为壮观的具有民族特色的宏伟建筑。它包括主体建筑窑殿、大殿和殿前抱厦，全长十间，宽六间，坐地六十间。配套建筑南北有明三暗六的讲堂二处，沐浴室坐地十二间，架子房二间，仓房二间，学校课堂七间，宿舍三间，计三十八间。

1939年，日本侵略军到东辛庄扫荡时，纵火焚烧了清真寺，使这座数百年的辉煌建筑化为一片瓦砾。

1953年，中央直接拨款1亿元，扶持本斋村的回民群众，重建清真寺，同时，本斋村清真寺乡老马贵轩又四处募资5800万元（折合小米58000斤），最后建成一 座礼堂式大殿，并整修了大殿南北讲堂和沐浴室等，并请来阿訇主持教务工务。

1966年，文革兴起，红卫兵以“四旧”为名，拆毁了清真寺讲堂和大门，将寺内30本大经和名人字画、匾额完全砸烂烧毁。

1979年，以冯贵轩为首，组织起清真寺管理委员会，集资8千元，县民族宗教支持木才16立方米，整修了大殿两侧讲堂，沐浴室、院墙、大门，粉刷了大殿。

1985年至1987年年中央民委又分三次给本斋清真寺拨款14万元，采用民族建筑形式，重修了大殿和后窑殿，并粉刷一新。