厦门大学海洋环境科学教育部重点实验室的前身是厦门大学海洋生态环境国家教委开放研究实验室，成立于1995年10月。1999年被确认为厦门大学海洋环境科学教育部重点实验室。2000年5月，在原有海洋环境科学教育部重点实验室和福建省海洋研究所的基础上，成立了我国第一个由国家和地方联合共建的“教育部、福建省海洋环境科学联合重点实验室”。实验室由中科院院士苏纪兰教授任学术委员会主任，洪华生教授任主任，实验室现有固定人员25人，其中技术人员3人，管理人员1人。学术委员会由16名专家学者组成。

实验室认真贯彻执行教育部有关实验室的政策及管理办法，努力按照“国家重点实验室建设管理”办法组织实施科研工作、人才培养、队伍建设及对外交流，并在各方面取得了显著的成绩。六年来实验室共在国内外学术期刊上发表论文409篇。其中外文刊物71篇，国内核心刊物400篇。著作3部。获国家科技进步奖等奖项13项。

该实验室的宗旨是：在高新技术支撑下，开展亚热带近海生物地球化学过程、机制及其生态和环境效应的基础理论和应用基础研究；为近海及海岸带经济发展、资源开发利用和生态环境保护提供科学依据和技术服务；积极参与区域和全球性合作研究；培养海洋环境科学的高水平人才。