我国最南端的妈祖庙，无疑应推南海诸岛的西沙和南沙群岛天后庙，这些妈祖庙大小不一，称天妃庙，亦称天后庙、娘娘庙。由于近代日本人、法国人和越南人对南海诸岛的非法占据，他们对岛上中国庙宇不断进行破坏，加上文革的波及，西沙和南沙群岛上包括妈祖庙在内的庙宇如今已大多毁弃和湮灭。其实，南海诸岛上的妈祖庙既是妈祖信仰传播历史的见证，更是西沙和南沙群岛自古为中国领土的铁证。

如今西沙群岛的第一大岛永兴岛上尚存一间砖瓦庙，中国渔民们称为“猫注娘娘庙”，它也是西沙群岛最大的妈祖庙。永兴岛，当地渔民称“猫注”，据考是“锚屿”的谐音；娘娘，即天妃娘娘，渔民们也称为“猫注娘娘”，该称呼应源于明代。据记载娘娘庙原先有“海不扬波”匾额，另有一副楹联曰：“兄弟感灵应，孤魂得恩深”。因在西沙群岛渔民中流传有108位结义兄弟死后成为孤魂的传说，故“感灵应”、“得恩深”指的就是这些遇难兄弟得受海神天妃灵应，并得沐天妃恩惠，他们才从此成为海洋群神并共享天妃香火。迨至1932年，永兴岛被法国人非法占据，他们竟把中国渔民建造的猫注娘娘庙，妄改为“黄沙寺”，并更换庙门对联，企图制造伪证以说明越南皇帝于1835年派人在岛上建寺的说法。不想他们却在对联末尾的“大南皇帝保大十四年三月初一”落款上露了馅，因为“保大十四年”是公元1939年，由是谎言不攻自破。

在西沙群岛妈祖信仰遗迹其实还很多。如在猫注渔民中还流传有一首妈祖及陪神诗咒，据说当在海上遇险之际，念诵此诗，妈祖诸神则会显灵救助。此诗咒曰：“策赐山峰布斗，明芝兴德显神。顺赞天后圣母元君、左千里眼神将、右顺风耳守海将军、掌仓库天仙大王、猫注娘娘、马伏波爷爷、一百零八兄弟公、男女五姓孤魂，保佑平安。”诗咒中称天后圣母，当产生于清代。其中“山峰布斗”当即“大风普度”，“明芝”应即“明著”，为天妃封号之一。

在这些岛上，亦尚存一些妈祖文物。如在上世纪20年代，海南琼海渔民从西沙珊瑚岛海里捞起一尊妈祖石雕像，它是古代中国遇难沉船上的遗物。后来越南人曾冒认为古占婆人石雕，但仍从中国渔民称为“娘娘”。直到日本投降后，中国渔民始为盖娘娘庙供奉。又如在西沙群岛的琛航岛西北角有娘娘庙，该庙有一件明代龙泉窑的瓷观音，明代渔民认为是妈祖娘娘的化身，故被供奉至今已数百年。

西沙、南沙群岛除称妈祖为娘娘外，也称之为“天后婆”或冠以地名的某地婆。如巴岛（永兴岛）的天后婆称巴婆，葡萄牙文正是根据该称呼把永兴岛译为Papo岛；又如三脚岛（今琛航岛）的天后婆，称三脚婆，意即三脚岛的天后婆。这与台湾的湄洲妈、泉州妈、银同妈之类命名相似。

据调查，在西沙、南沙群岛的甘泉岛、北岛、东岛、黄山马（今平岛）、太平岛，都有规模不一的娘娘小庙。如西沙第二大岛东岛的娘娘庙20世纪70年代尚存，并有海南渔民莫经琳题刻对联：“前向双帆孤魂庙，后座一井兄弟安”。目前在西沙和南沙群岛上尚存明、清二代遗留下来的小庙20多座，这些庙除了娘娘庙外，还有土地庙、神庙、兄弟公庙等。这些神庙有些是中国渔民历尽艰辛从大陆运载砖瓦到岛上建造的，更多的小庙是就地取材、用岛上珊瑚石垒成的。它们规模虽然都不大，但充分说明南海渔民们对妈祖等海神的笃信之情，也说明这些南海岛屿自古就是由中国人经营和开发的。