清乾隆七年县志载：“明洪武初避水患，迁县于西八里元卫帅府镇抚衙，即今治也。”看来，武清县治从旧县迁往镇抚衙——日后之城关，不只是因为朝代的更迭，主要是因为明洪武元年（1368）六月的那场大水。那一年太行山洪暴发，淹静海、天津、武清、文安等县，武清一带淹田30余万亩，水深逾丈，人畜伤亡很大，其情可伤。旧县城本是夯土之城，战乱连年，荒于修缮，经此浸泡冲刷，自是颓圮难免、在劫难逃。经过元末战争后的各地城池均已破败不堪，而且边境的“北虏”、“南倭”的威胁也日渐严重。所以在明代便有一个陆陆续续、却是全国规模的、不下500个城池新建或重建的筑城运动。武清县城或迁徙、或重建，应该说正与这场全国筑城的大背景合拍。

但明朝初立，百废待兴，建城有个财力问题。而水患危害甚巨又不能不解决，于是当政者便把目光投放到离武清旧县西八里、地势高一些的原元朝卫帅府所在地——即今天的城关镇所在地。这里既离旧治不远，地势高可避水患，还有一定的聚落基础和前朝现成的镇抚衙门可资利用，所以迁治到卫帅府镇抚衙也是应急之举。

城关之称，肯定是明洪武初年县治迁至于此之后的事情。此前元朝时应称卫帅府，明朝以后称武清卫。元时战乱频仍，在这里建立了卫帅府镇抚衙等，但那时当地并没有城池。后来卫帅府在其东南附近又建起了帅府家庙，大概是以为政权比较巩固了，统治会世代延续下去，孰料兴亡不足百年，入主中土则日期更短。但武清入元则较早，在成吉思汗十年（1215）时即属蒙古燕京路管领。

卫帅府是元朝的一级军事机构，既有打仗、“镇抚”的功能，也有屯田的任务。至元四年（1267）元统治者在武清置中卫屯田；八年后中卫迁往河西务等地；至大元年（1308）复置左卫帅府。城关的卫帅府应建于此时。

明朝的“卫”成了正规化，朝廷在要害地区大多设立了“卫”这种军事编制，其性质与元朝的“卫”约略相同，所以后人乃至县志记载中都把元卫帅府称为“武清卫”。但实际上只有明朝才有这样的称呼，而且由那时起，军事编制演变成了地名。如介绍明武宗时工部侍郎李钦，志载其为“武清卫人”，实际就应该是今天的城关人。明制一卫为5600人，由都司率领，隶属于五军都督府，防地不限当地，可以包括几府，一般驻在某地即称某卫。大家都知道历史上有“天津卫”、“威海卫”，殊不知当时我们这儿也有个武清卫，而且武清卫就设置于今天的城关。如果从明永乐元年（1403）在河西务设卫算起，武清建卫至2003年就整整600年了。如果从永乐十三年（1415）二月正式设武清卫算起，则到2015年为整整600年。

明时一卫设指挥使、指挥同知各2人，指挥佥事7人，镇抚3人，经历、知事各1人；辖5所1营：左所正千户2人、百户8人，右所正千户1人、百户6人，中所正千户1人、副千户3人、百户3人，前所正千户1人、副千户2人，后所正千户2人、副千户2人、百户5人；操守崔黄口营指挥佥事1人、百户2人。

起初将县衙搬到卫帅府镇抚衙，听起来有些“合署办公”的味道，实际当时衙署正空，拿来暂用，这是政权更迭后合情合理的事情。当时的情况应该是元卫帅府在城东，镇抚衙虽下属于卫帅府却与卫帅府不在一处。后来的县衙所建处是镇抚衙所在地。也就是说必须把卫帅府与镇抚衙分开，因为它们分建于两个地方。读前朝县治图，武清卫（卫帅府）与县衙明显是两个不同的概念、两处不同的地方。县衙位于县城西北，而武清卫（卫帅府）在县城之东，也在县衙之东，县衙是另立一地，并非原卫帅府的地面。民国二十七年《武清县城图》中所示桑园、火药库一带即为卫帅府遗址（今镇供销社宿舍以南）。据当地老人讲，晚清至民国闹水时，此地因地势较高，残砖断瓦，荆棘丛生。民国年间，这里还一度为清末民初武术家“鼻子李”（李瑞东）的家场。有人还称这里为“韩昌府”，说是辽国大将韩昌曾于此建府，但无史料可查。

那么，城关的武清县衙修建于何时，史志未见记载。但作为京东大县长期没有县衙是不可思议的事情。武清城关县衙修建应不会晚于明永乐十三年左右。