吴起县环保局于1998年5月成立，属县政府事业局，2002年县级机构改革中，列为政府职能局，2003年1月上划市环保局管理，下设环境监察大队，合署办公。现有职工20人，大专以上文化程度10人，党员10人，拥有车辆3辆，微机7台，打印机2台，复印机1台，取证设备3件，通讯设备6部。主要职能是监督检查环保法律法规及标准的贯彻执行，拟定辖区环境保护规划和年度计划，负责环境污染防治的监督管理，受理对污染和破坏环境行为的检举、控告和调查处理环境污染、破坏事故以及环境污染纠纷。

环保局成立以来，在县委、县政府和市环保局的正确领导下，按照“思想好、作风正、懂业务、会管理”的要求，内抓管理、外塑形象，从辖区实际出发，围绕“蓝天、碧水、朝阳、生态”四大环保工程，大力开展环境宣传教育，加强监督管理，强化自身建设，严格环保执法，先后开展了城区大气污染管理、油区环境综合整治、生态示范乡村建设等工作。几年来，累计完成排污收费983万元，查处环境违法案46起，罚款116.14万元，赔偿72.3万元，处理环境民事纠纷68起。使辖区环保工作迈上了规划化、法制化管理轨道，环境质量明显提高。县起空气质量达到国家二级标准，县境内河流水质达到国家地表水V类标准。在目标责任书考核中连续五年被评为全市“环境保护先进集体”。2001年，被县委、县政府授予“五星级文明单位”，2004年县环保局（环境监察大队）被评为全国整治违法排污企业先进集体，今年11月份全市环保系统“创佳评差”活动考核评比为最佳单位，同时，先后还被评为全县两文明建设、信访、社会治安综合治理、爱国卫生等先进集体。