由于垦荒初期不重视或没有足够的排水将土壤中历史时期积累的盐份排出，使地下水位升高，低矿化度的灌溉水快速溶解土壤中盐份，并随着潜水蒸发，将盐份积累于地表或作物根系层，这就是人们常说的"次生盐碱化"，又称“次生盐渍化”。不合理的灌溉可引起土壤次生盐碱化。

次生盐碱化本质上是一种次生灾害，也是人为成灾，是因为人们对科学的认识水平不够造成的。只要改变灌溉方式、合理排水，完全可以避免这种灾害，从而大大提高农业产量。