温州市疾病预防控制中心于2000年7月根据温政办[2000]19号文件撤消原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所，合并成立作为市卫生局领导下具体实施政府疾病预防控制职能的全额拨款的全民事业单位，是温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、信息管理中心、人才培训中心。

现有人员编制160名，正式职工152人，专业技术人员115人，高、中级技术职称分别占13.9％和32.2％。现设职能科室4个、业务科室14个，并附设结核病、皮肤病性病门诊部。主要负责全市疾病预防控制技术对策措施的指导及实施；重大疫情和中毒事件的调查控制；疾病监测、流行病学调查；疫苗使用管理、消毒、杀虫、灭鼠技术指导和效果检测评价；职业卫生有害因素监测、调查、控制和卫生学评价；市属企业从业人员和学校学生的健康体检；指导开展健康教育、健康促进等工作。

本中心通过了职业卫生技术服务机构资质认证和实验室计量认证，建立了适用、有效的质量体系。中心检验科内设理化检验室、微生物检验室、艾滋病实验室和门诊化验室；拥有自动荧光免疫分析仪、气相色谱质谱联用仪、荧光定量PCR检测系统、全自动酶免分析仪、气相色谱和高效液相色谱分析仪、全自动血液分析仪和细菌EPV测定仪等高精仪器设备；有效保证了全市各类重大疫情和公共卫生事件的实验室诊断。具体承担各类疾病预防控制有关的检验任务以及为卫生监督执法和社会各界提供检验检测技术服务。本中心建筑面积约1万平方米，高15层的新大楼已于2005年4月正式启用。

近年来，我们坚持科学的发展观，以人为本，开拓创新，不断完善突发公共卫生事件应对体系，履行疾病防控职责，取得了显著的成效。全市各种传染病、地方病疫情得到有效控制；CIDA—WHO结核病控制项目受到WHO官员的高度赞扬；免疫管理疫苗接种率继续保持在较高水平，规范化门诊建设走在全省前列；健康体检和卫生检验为疾病控制和卫生监督提供有力技术支撑；职业危害因素监测评价与控制保护了职工的身体健康；健康教育注重针对性，发挥了独特的防控作用；为保障全市人民身体健康，促进经济社会发展作出了重大贡献。多人次获得国家、省、市各级先进集体和先进个人的荣誉称号。