天主教亚庇总教区（Archdioecesis Kotakinabaluensis）是罗马天主教的一个教省总教区，位于马来西亚沙巴州西北部 （西海岸区和古达区）和纳闽。现任总主教为李亦瑶 （1987年至今）。座堂是亚庇的圣心堂。
概况至2008年，有15个堂区、178,962教友、27位司铎、5位修士、136名修女。
1855年建立监牧区。1952年成为代牧区，1976年升为教区，属古晋总教区。1992年根底咬教区分出，2007年山打根教区分出。2008年5月23日升为总教区，下辖山打根和根底咬教区。
天主教根底咬教区
天主教山打根教区