明嘉靖三十八年(1559年)，设分守福兴福宁参将1员，驻福宁，统领流江、烽火、小埕、南日4个水寨。嘉靖四十二年，分守福宁参将改为闽海北路福宁守备司，设守备1员。万历二十年(1592年)闽海北路守备司升为北路福宁参将府。设参将1员、把总1员、官兵85名，下辖福宁陆营3营，烽火、小埕2水寨、中军1游。万历二十八年，改中军游为嵛山游，增辖新设台山游并配把总1员。