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作者：乔纳森·佩夫斯纳 (作者), 孙之荣 (译者)

出版社: 化学工业出版社; 第1版 (2009年9月10日)

平装: 706页

开本: 16开

ISBN: 7502583831, 9787502583835

条形码: 9787502583835

产品尺寸及重量: 26.1 x 18.5 x 2.5 cm ; 1.1 Kg

内容简介

翻开《生物信息学与功能基因组学》，您将会情不自禁地沉浸于其中……《生物信息学与功能基因组学》内容全面，很好地将生物信息学与功能基因组学的理论和实践应用结合起来，非常重视生物信息学的具体应用技巧。另外，《生物信息学与功能基因组学》还具有如下特色：作者权威。《生物信息学与功能基因组学》作者是霍普金斯医学院教授，在国际上有很高的声誉和权威性。实践性强。每一章都有问题集、与生物信息学有关的web操作训练以及相应的web链接，还列出了可以免费获取的生物信息学软件和作者推荐的读物。范例典型。

编辑推荐

《生物信息学与功能基因组学》从头到尾都用一个基因和它的蛋白产物作为例子进行讲解。这个蛋白是视黄醇结合蛋白(retinol-binding protein，RBP)。图文并茂。《生物信息学与功能基因组学》在论述的同时配以大量的图片，直观、形象、通俗易懂。

作者简介

作者：(美)乔纳森·佩夫斯纳 译者：孙之荣

目录

第1篇 数据库中的DNA、RNA和蛋白质序列的分析

第1章 绪言

1.1本书的结构

1.2生物信息学：蓝图

1.3一个贯穿本书的例子：视黄醇结合蛋白

1.4章节的组织

1.5对学生和教师的建议：Web练习和找基因

1.6重要的生物信息学网址

1.7推荐读物

参考文献

第2章 获取序列数据和文献信息

2.1生物学数据库介绍

2.2GenBank：收录几乎所有已知的核酸和蛋白质序列的数据库

2.2.1序列数据的总量

2.2.2GenBank中的物种数

2.2.3GenBank存储的数据类型

2.2.4表达序列标签 (ESTs)

2.2.5序列标签位点 (STS)

2.2.6基因组测序序列 (GSSs)

2.2.7高通量基因组序列 (HTGS)

2.3美国国家生物技术信息中心 (NCBI)

2.3.1NCBI的介绍：NCBI的主页

2.3.2索引号码：识别序列的标签

2.3.3五种获取DNA和蛋白质序列的方法

2.3.4如何进入序列数据的例子：HIV pol

2.3.5获取生物医学文献

2.4展望

2.5常见问题

2.6网络资源

2.7讨论题

2.8习题

2.9自测题

2.10推荐读物

参考文献

第3章 双序列比对

3.1引言

3.1.1蛋白质比对：通常比DNA比对具有更丰富的信息

3.1.2同源性、相似性、一致性的概念

3.1.3间隙

3.1.4双序列比对、同源和生命的进化

3.2Dayhoff模型：可接受点突变

3.2.1PAM1矩阵

3.2.2PAM250和其他PAM矩阵

3.2.3从突变概率矩阵到对数比值打分矩阵

3.2.4双序列比对中PAM矩阵的实际有用性

3.2.5PAM矩阵的重要替代者：BLOSUM打分矩阵

3.2.6双序列比对和检测限度

3.3比对算法：全局和局部

3.3.1全局序列比对：Needleman?Wunsch算法

3.3.2局部序列比对：Smith?Waterman算法

3.3.3Smith?Waterman算法的快速、启发式版本：FASTA和BLAST

3.3.4局部比对搜索工具 (BLAST)

3.4双序列比对的显著性：一致性百分比

3.4.1双序列比对统计显著性检验

3.4.2全局比对的统计显著性

3.4.3局部比对的统计显著性

3.5展望

3.6常见问题

3.7网络资源

3.8问题讨论

3.9问题

3.10自测题

3.11推荐读物

参考文献

第4章 局部比对搜索基本工具BLAST

4.1引言

4.2BLAST搜索步骤

4.2.1步骤1：选定感兴趣的序列

4.2.2步骤2：选择BLAST程序

4.2.3步骤3：选择数据库

4.2.4步骤4：选择参数

4.3BLAST算法使用局部比对搜索的策略

4.3.1BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸

4.3.2BLAST算法：局部比对搜索的统计学和 E值

4.3.3用比特分数来说明原始分数的意义

4.3.4BLAST算法：E值与 P值间的关系

4.3.5BLAST中的空位比对

4.3.6将BLAST搜索进行到底

4.4BLAST搜索的一些策略

4.4.1一般性概念

4.4.2BLAST搜索的原则

4.5多结构域蛋白 (HIV?1 pol) 的BLAST检索

4.6BLAST检索脂质运载蛋白：改变打分矩阵的作用

.........

第18章 人类疾病

18.1人类遗传疾病：DNA变异的结果

18.2人类疾病的生物信息学展望

18.3Garrod对疾病的观点

18.4疾病的种类

18.5疾病的分类

18.6单基因疾病

18.6.1OMIM：有关人类疾病的重要生物信息学资源

18.6.2其他重要的人类疾病数据库

18.6.3突变数据库

18.6.4单核苷酸多态性(SNPs)与疾病

18.7复杂疾病

18.8疾病中染色体异常性分析

18.9在模式生物中研究和寻找人类疾病基因

18.10人类疾病研究组织

18.11疾病基因的功能分类

18.12展望

18.13常见问题

18.14网络资源

18.15问题讨论

18.16问题

18.17自测题

18.18推荐读物

参考文献

后记

参考文献

附录GCG软件包：用于蛋白和DNA分析

术语表

自测题答案