沈阳音乐学院音乐研究所采用系、所（音乐研究所）合一建制。既是学院的音乐理论教学单位，也是学院的音乐理论科研单位。其自身的发展，大致经历了音乐研究室（1950－1985）、音乐研究所（1985-1997）与音乐学系暨音乐研究所（1997-至今）三个阶段。曾由王凤贤、谷音、王其慧、凌瑞兰、杨久盛等主持工作。现任系主任兼音乐研究所所长彭永启。 该所下设音乐史学理论教研室、民族音乐理论教研室，现有教师（研究人员）7人，其中教授1人、研究员2人、副教授3人、副研究员1人；在校学生45人（含研究生）。主要专业课程设置：音乐学概论、音乐美学基础、民族音乐导论、中国音乐史、西方音乐史、论文写作、音乐专题研究等。 专业基础课为：视唱练耳、民歌、说唱音乐、戏曲音乐、民族器乐、钢琴、和声学、作品分析、复调、配器、艺术概论。