深圳市农科集团公司是于2002年12月，根据深府[2002]196号文《关于深圳市农业研究中心体制改革问题的通知》精神，由深圳市局级事业单位改制而来，是全国农业科研系统第一个成建制改为企业集团的单位，由深圳市局级事业单位改制而来，是全国农业科研系统第一个成建制改为企业集团的单位，是深业集团成员单位之一。

深圳市农科集团公司下属十家法人公司、六个研究所、一个研发中心和中心实验室，即深圳市农科房地产开发有限公司、深圳市新科泰实业有限公司、深圳市农科园林装饰有限公司、深圳市农科物业管理公司、深圳市农科苑科技实业有限公司、深圳市天翔达牧工贸有限公司、深圳市绿得宝食品有限公司、深圳市农科蔬菜科技有限公司、深圳市农科基地发展有限公司、深圳市农科克隆种苗有限公司，花卉、果树、蔬菜、畜牧、水产、生物应用技术研究所、一个研发中心和中心实验室。

作为深圳乃至全国农业科研单位成建制改制的试点，深圳市农科集团公司在深圳市委、市政府、市国资委和深业集团的领导下，以企业化、市场化、效益化为目标，以生物技术和“太空农业”技术的研发为产业发展方向，以自有土地开发和物业经营管理为企业发展的重要保障,正以现代农业科技企业集团的姿态，开辟着改革和发展的新局面。