上海市影像医学研究所由中山医院放射科、核医学科和超声诊断科联合组建，2001年12月正式挂牌，著名放射学专家周康荣教授任研究所所长，王建华教授、陈绍亮教授、王文平教授、颜志平教授任研究所副所长，严福华教授任研究所秘书。

20世纪90年代，随着高新技术的发展，影像医学的发展也非常迅猛，成为当代临床医学中发展最快的学科，亚专业和交叉学科不断涌现，研究领域由单纯的形态学过渡到形态和功能相结合、宏观和微观相结合、诊断和治疗相结合的范畴。为适应现代影像医学发展的潮流和需要，逐步与国际接轨，加强在科研和教学领域学科间的合作与联系，由复旦大学附属中山医院放射科、核医学科和超声诊断科三科联合组建的上海市影像医学研究所于2001年挂牌成立，著名放射学专家周康荣教授任研究所首任所长。

研究所成立后，依托中山医院上述三科在国内领先的学科优势，充分发挥各专业的优势和医疗特色，临床医疗和科研密切结合，明显提高了研究所各专业的综合技术力量。通过多年的研究和实践，如今，以肝癌诊疗为核心的肿瘤影像诊断和介入综合治疗，以及血管的彩超、CTA、MRA等无创性影像学检查和血管疾病的微创介入治疗达到国际先进水平。肝硬化/门静脉高压影像诊断和介入治疗、移植术前后综合影像学评估和移植术后并发症介入微创治疗、肝肿瘤的超声造影诊断、先天性及后天性心血管疾病彩超诊断、肿瘤代谢显像和心肌活力显像、甲状腺癌放射性核素治疗及肿瘤晚期骨转移的止痛治疗方面处于全国领先水平。

十年来，上海市影像医学研究所在原有的研究基础上不断扩展和突破，并取得骄人的成绩。由周康荣教授和王建华教授主持的“影像学和介入放射学新技术在肝癌诊断和治疗中的系列研究”获得2005年度国家科技进步二等奖，另外，研究所还获中华医学科技二等奖2项、上海市科技进步一等奖2项、上海市科技进步二等奖3项、上海市科技进步三等奖2项。