上海市微生物研究所是从事微生物发酵技术、生物技术、食品技术及保健食品开发与应用科研机构。曾为推动我国发酵工业发展作出过卓越贡献，先后取得科研成果170余项，包括16项国家重点科技攻关成果，获得部、市级奖及国家级奖的成果达十作项，其中有些项目技术水平处于国内外领先水平，成果覆盖面遍及全国大部份省市，有数项技术成果输出到国外，在国内外享有较高声誉。1996年体制改革，进入冠生园集团，成为集团公司的技术中心，生物技术领域的优势得到进一步的发挥，同时又逐步加强食品工程的研发，1998年被认定为上海市企业技术中心。1991年被认定为上海市高新技术企业。 上海市工业微生物研究所位于上海市漕河泾高新技术开发区，占地面积9129平方米，建筑面积5417平方米。专业技术人员60名，博士、硕士和高级工程师占27%以上，大专及以上比例占69%。研究所设有三个“研究中心”，即：

（1） 产品开发中心：分为食品与生物技术两大类，下设食品室，生物技术保健品研究室和中试室。

（2） 检测中心：主要从事食品、生物制品的理化分析检测、微生物检测、防霉抗菌检测以及专项分析检测等，具有上海市技术监督局审核颁发的计量认证资质、通过中国国家实验室认可委员会认可，设有中国工业微生物菌种保藏管理中心上海站。

（3） 信息中心：建有科技信息网络系统，与所外著名科技信息库相连接，收集研究国内外食品生物技术信息：承担项目技术情报调研、翻译工作，编辑出版国内外公开发行的《工业微生物》科技期刊。