上海青年京昆剧团为上海昆剧团前身，１９６１年７月，上海戏曲学校昆曲班学员提前毕业（原定学习９年），与京剧班学员合并成立了“上海青年京昆剧团”。

同年９月，剧团首次携两台大戏《白蛇传》《杨门女将》赴香港演出，由蔡正仁、杨春霞等十人领衔主演，青年演员精湛的演艺在香港引起极大轰动，被港岛观众誉为“１０大金牌”。文革中解散。

1978年２月，经上海市委决定，改建为上海昆剧团。

2006年7月15日下午，经上海市委决定，为培养造就京昆青年拔尖人才的上海青年京昆剧团重新组建成立。建团仪式在逸夫舞台举行。