上海交通大学港口与水利工程研究所建于1989年，主要以上海交通大学海岸与海洋工程专业为依托。随着国民经济建设的发展，大量的海岸与海洋工程项目(如港口、航道、桥梁、防波堤、围垦、船厂、人工岛、海底输油管道、电厂、石油平台、海岸防护、海岸与海洋环境污染治理等)正在进行之中。海岸及海洋资源的开发和利用已为世界各国所重视，形成了新的“海岸海洋科学”学科。

本所目前和今后主要研究领域：

海岸、河口动力学(波、流、海平面、盐水入侵)，海岸、河口、近海泥沙过程，海岸、河口、海洋污染及其控制，港口、码头等海岸建筑物设计、建造，海岸、河口演变及航道整治，海涂围垦，海岸河口现场量测新技术与新方法。