上海海事大学校医院成立于1997年，其前身为学校卫生科。目前在临港校区、浦东民生路校区、港湾校区设门诊部或卫生所。

临港门诊部由主楼、传染病用房组成，主楼有四层，传染病用房有二层，总建筑面积4200平方米。校医院设有预防保健科、内科、外科、口腔科、眼耳鼻喉科、皮肤科，同时开展医学检验和影像科、心电图等辅助科室；并配备理疗室、治疗室、输液观察室等治疗科室。每月聘请三级医院专家，开设专家门诊。

校医院共有32名正式编制的医务人员，其中医师18名、护师7名、药剂和检验人员5名、辅助人员2名；其中副高级职称4名、中级职称10名、初级职称11名。主要设备有数字化摄片机、隔式遥控电视透视机、牙科摄片机、彩色多普勒超声仪2台、全自动生化仪、口腔椅4台、电脑牵引床、全自动12导联心电图仪、血尿分析仪、血粘度仪、电脑验光仪、非接触式眼压仪、角膜显微镜、立体视觉仪、电测听仪、暗适应仪等。

校医院承担三个校区师生员工的基本医疗、预防保健、健康教育、计划生育、传染病管理、食品和饮水卫生监督、海上医疗救护培训、心理咨询、大学生医疗保障管理、无偿献血、计划内免疫接种、公共卫生突发事件的应急处理、红十字会等工作。

多年来，校医院在学校和后勤服务中心领导的关心和支持下，全体医务人员共同努力、尽心尽职，不断改善服务态度，提高服务质量，根据校内服务的特点，为师生员工提供相适应的医疗、预防、保健、健康教育、计划生育指导等服务。