生物制药工程系成立于2001年，目前是山西生物应用职业技术学院教师人数和学生人数最多的一个系。围绕专业建设这个核心，充分体现医药高等职业教育的特色，我系特别注重师资队伍建设、课程建设、实训基地建设和学生实践动手能力的培养。目前有山西省优秀教师1名，山西省职业技术教育教学名师1名，获得省级以上表彰者12人次，药品质量检测技术核心技术教学团队2009年被评为山西省优秀教学团队。我系的生物制药实训基地2008年被评为山西省示范实训基地，2009年被评为中央财政支持的职业教育实训基地。在全国医药职业技能大赛中，我系参赛学生获得团体一等奖1项，个人一等奖2项；在全国生物技术技能大赛中，我系参赛学生获个人二等奖2项，在全国同类院校中居于前列。

本系教学团队结构合理、年富力强、实践及指导能力强、综合素质高。共有教师54名，其中教授2名，副教授12名；平均年龄36岁；具有硕士学位者17名，在读硕士20名；具有国家执业药师、执业医师资格证16名，具有国家职业技能鉴定高级工资格证36名。

本系设置药品质量检测技术、生物制药技术、药物制剂技术、药学、医疗器械制造与维修、食品营养与检测、食品生物技术、精细化学品生产技术8个高职专业。其中药品质量检测技术专业为省教学改革试点专业，生物制药技术专业是我院重点建设专业，医疗器械制造与维修专业为我院与上海医药高等专业学校合作办学专业，药物制剂技术专业为我省紧缺人才培养的专业。

我系教师教研科研能力强。几年来，与企业合作开展教研科研活动，取得了丰硕成果，其中获国家精品课程2门、省精品课程2门，省级教学成果一等奖2项、省级教学成果三等奖1项，全国职业教育学会医药专业委员会教学成果奖3项，与企业合作进行技术开发8项，其中获新药证书4项，获得发明专利4项，主参编教材50余本，其中国家十一五规划教材本。

本系现开设药品质量检测技术、生物制药技术、药物制剂技术、药学、医疗器械制造与维修5 个专业，共有41个班级， 1805名全日制在校高职生。我系各专业办学条件完善，工学结合特色显著，为社会培养了一大批高素质、高技能的药学专门人才，毕业生一次性就业率达95.32%，在医药行业各岗位发挥骨干作用，取得了良好的社会效益。