三海即慈禧归政后颐养之地南海、中海、北海。中法战争结束后的1885年6月，慈禧即发布懿旨勘修三海。据统计，从光绪十一年（1885年）四月起至光绪二十一年（1895年）四月止的十年中，整个三海大修工程的经费总额约为600万两，其中从海军衙门经费中挪用436.5万两（叶志和、唐益年：《光绪朝三海工程与北洋海军》，《历史档案》，1986年第1期）。

除兴修三海之外，还有修缮颐和园工程，颐和园原名清漪园，与圆明园同时被毁。光绪十四年二月初一日，以光绪帝的名义发布上谕，改清漪园为颐和园，取“颐养冲和”之意，并下令“殿宇一切，亦量加葺治，以备慈舆临幸”（《清德宗实录》卷二五二）。问题是钱从何来？这时，由于主张节用的恭亲王奕遭罢黜，而一味迎合慈禧的醇亲王奕开始操持大权，奕掌控的海军衙门就成了慈禧的新内务府。此时奕不仅同意挪用军费，还授意李鸿章以海军衙门筹款以备急需的名义，分别向两江、两广、湖广、四川、江苏等地督抚勒捐，共计银两260万两，得息40万两，同时海军衙门收到各省的海防捐银157.8万两，这些钱都用到了修园工程上。更为严重的是，奕还挪用海军经费正款修园，从1888年开始至1894年七年间，每年挪用30万两，共210万两。至于慈禧到底挪用了多少海军经费，众说不一。有人说3000万两，有的说2000万两，有的说8000万两。因颐和园工程档案已被销毁，准确数字很难求得，但款额甚巨则是事实。而且，为修颐和园和筹办慈禧六十大寿，在光绪十四年（1888年）北洋水师正式成军之后，清政府就停止海军新购军舰和更新设备。据统计，北洋海军的7艘主力战舰的购置费为778万两，这样算来，颐和园工程和三海工程总共挪用的海军经费大概可建好几支北洋舰队，数字确实惊人。