当西北回族地区出现了“门宦制度”后，撒拉族内部的统治阶级为着从宗教上强化自己的统治，他们亦接受了这种有利于自己的宗教制度。当时，传入撒族地区的是产生于甘肃夏的马来迟所创虎夫耶花寺门宦。门宦制度的建立，上层宗教教长山“聘请制”变为“世袭罔替”的制度，统治者对农民的控制和剥削进一步加强。于是，当马明心所创立的“哲合林耶”教派于清乾隆26年（公元1761）传入循化撒拉族地区后，由于它反对老教多收布施钱财，相对哲合林耶而言，又称花寺为“老教”，甚至提出“灭土司”的口号，在当时暂时符合了农民的部分要求，撒拉族人民就纷纷摆脱老教而加入马明心的“新教”。?

新教的主张触犯了老教的利益，新教教徒日渐增多，老教势力日受削弱。于是老教的花寺门宦极力排斥新教。在清朝统治阶级的支持下，马明心被驱逐循化。乾隆34年（公元1769）清朝又封闭新教寺院，枷责新教首领贺麻路乎，并将他“从重发乌鲁木齐给兵丁为奴”。从此后，教派之间的矛盾加深和扩大了，相互斗争延续了许多年。

清乾隆46年（公元1718年）三月间，两教派之间终于爆发了大规模的仇杀事件。当时马明心的徒北撒拉族的苏四十三等人，率新教信徒杀了属于老教的哈尔户长（总头人）韩三十八。随后清政府派兰州知府杨士玑等人来撒拉族地区查办，宣称要为老教做主，将把新教斩尽杀绝。于是，信奉新教的群众为了生存就不得不起来斗争。在苏四十三、韩二个等率领下，杀了杨玑等人，又乘胜攻下河州（临夏）城，还包围了兰州。原为新、老教派的“教争”就转化为反抗清朝统治和民族压迫的斗争了。但是在统治阶级的残酷镇压下，这次包括撒拉族、回族、东乡族人民参加的反清暴动失败了。马明心、苏四十三以及无数的新教徒教被杀害。但是自始至终，并无一人降服。

这次起义失败后，清朝对新教采取了高压手段，禁令其传播。撒拉族的13工也被合并成8个工。新教也逐渐放弃了原先的口号，在以后也建立了自己的门宦制度。到最后，“哲合林耶”派甚至成了西北地区伊斯兰教具有门宦制度数派中最大的一个教派。它除了与其他教派一样地信仰伊斯兰教基本教义、经典、教规外，还极端崇信教主。把教主神化到与“胡达”相等同的地位，要教徒顶礼膜拜。为此，还制定了一套阴森可怕的清规戒律要教徒遵守，教徒对教主的一切作为和言论不能有丝毫违抗的表现。?

“哲合耶林派”极力宣传“舍席孜”的殉道思想，“舍席孜”为阿拉伯语，原意为“烈士”，伊斯兰教则以其专指“为宗教而死者”，故一般也称之“殉教”或“殉道”。这种思想，原是伊斯兰教在阿拉伯崛起时，为了征服异教徒，使之接受伊斯兰教而鼓动伊斯兰教徒为宗教而牺牲的精神，进行其所谓“圣战”的思想。由于哲合林耶派产生和发展的历史原因，它一开始就受清朝和老教门宦的排挤、压迫和打击，清政府对哲合林耶前儿辈教主以及教徒的残杀、流放并禁止传教等手段，派起广大教徒群众的愤怒和对清政府的仇恨。尤其撒拉族信徒在乾隆年间被杀甚多，这种感情则更为炽热，哲合林耶的宗教上层正是利用了这种感情和心理，向教徒群众灌输殉道的思想，宣称“为教而死无尚光荣”。把这种思想适应于自己的目的，在教徒群众中大力宣传和提倡。许多回、东乡、撒拉族的信徒群众也往往自称“哲合林耶是血脖子的教门”，这就是撒拉族教徒中“舍命不舍教”口号的来由。?

民国初年，东乡族的马万福到麦加朝觐回来创立“伊合瓦尼”教派，得到青海的统治者马麟的赏识，在青海大力伟。到马麟的儿子马步芳统治青海时期，伊合瓦尼教派得到了极有力的培养和扶植。循化的撒拉族地区亦传入了伊合瓦尼教派，由于这一派反对门宦制度，在宗教礼仪上也与别的教派不同，如有所谓“吃了不念，念了不吃”等等，所以人们称之为“新新教”，把哲合林耶派一起称为“老教”，而称伊合瓦尼教派为“新教”。开始大多数撒拉族群众都是信仰老教的。由于新教指责老教是“异端”，双方经常发生纷争，教徒间甚至出现械斗。?

自1922年3月始，马麟使其外甥马禄在撒拉族街子清真大寺开学传教、任教长，遭到老教的反对，后来几经争执，新教凭着政治势力占了上风，撒拉族各寺的教长遂多为新教阿訇所把持，但教徒人数则仍是老教多于新教。