日本总理本府是以总务长官为行政领导的一个重要机构，主要职能是综合调整各行政机关的施政和事务，管理有关抚恤、统计、议典事项及新闻出版，负责有关原子能利用事项，负责不属于其他行政机关的事务及根据法律属于总理府所管辖的行政事务。总理府本府除了由总理大臣任命且内阁成员的总理府长官外，还设有总理府副官二人，协助总务长官管理总理府本府的工作。

总理府本府下设总理大臣官房、赏勋局、恩给局、统计局、人事局等。