活动于琼崖地区的红军在1938年10月接受国民政府改编为“广东民众抗日自卫团第14独立队”，队长为冯白驹。1939年3月，中共琼崖特委将独立队改称为独立总队，发展到1400余人。3月到6月，独立总队连续袭击日军。6月起日军对琼文地区进行了“扫荡”，总队主力一部则插入琼山、海口郊区活动，在琼山第一区建立游击队，打击日军。10月下旬，总队对日军的重要据点那大进行围攻，攻下那大并俘获日伪中队80余人。

1940年1月25日，琼崖特委及独立总队领导机关开始西移，于2月中旬到达美合地区。在该地区积极发动合组织群众，组织“农民抗日救国会”、“青抗会”、“妇救会”等民众团体。又使美合周围各乡100多名青年加入独立总队，还在其他乡村建立自卫队。到1940年冬，独立总队已经发展到3000余人，枪2000余支，活动遍及琼山、文昌、澄迈、临高等11个县，建立了琼文平原根据地、美合山区根据地和六连岭根据地等小块游击根据地。独立总队已经成为琼崖抗日的主要力量。

1943年1月，总结了敌人大规模长时间的扫荡特点，琼崖特委及独立总队作出了“坚持内线，挺进外线”的决策。第1支队向西挺进，在儒万山建立了抗日根据地。第2支队第1大队和琼山基干大队扩大琼东南抗日根据地。后又转战数月，逐渐恢复了琼文抗日根据地，开辟了万宁、陵水、和保亭广大游击区，创建并巩固了绿现山、儒万山抗日根据地，将各抗日游击根据地连成一片，部队也得到发展。