该寺是二世达赖喇嘛根敦加措于公元1509年主持修建,五世达赖时，摄政王第巴·桑结加措对该寺曾予以扩建,形成占地面积4000平方米的庞大建筑群。寺门外,立有“琼果结寺志”石碑，是三世达赖时所立。在寺后山坡的玛尼石佛龛中，供有三世达赖的脚印石，寺后门外的草地上，埋有一块石板，极受香客尊崇，据说凝望此石可以看见使自己如愿的图像。