清华大学土木水利学院下设的建筑工程设计研究所，以建筑工程方面的教学、科研为主，并从事工程咨询与设计等实践性工作，积极为教学和研究创造实践背景，探索工程前沿问题。在承担工程设计业务方面，拥有清华大学建筑设计研究院的甲级设计资质，绝大多数教师具有国家一级注册建筑师或国家一级注册结构工程师资格。

建筑工程设计研究所自1996年组建，承担本科生及研究生教学与培养工作，先后开设多门课程，同时也是学生建筑结构设计实践环节训练基地；设计所还承担了清华大学主楼加固加层改造、最高人民法院业务楼、大法庭和办公楼加固改造、中华医学会办公楼翻扩建等数十项工程设计项目，科研项目紧密结合工程实践，工程领域的实践为教学和科研打下了坚实的基础。

2002年，土木水利学院以本研究所为主体成立地下空间开发利用研究所，重新恢复土木工程系在城市地下空间资源开发利用领域的研究，新开设“城市地下空间概论”课程，目前承担北京市自然科学基金重点项目1项，并参加北京和青岛等城市的地下空间发展规划编制和专题研究。 研究所目前主要研究方向：城市地下空间开发利用、新型结构体系与设计、建筑结构加固改造等，并招收各方向硕士研究生。

目前建筑工程设计研究所和地下空间开发利用研究所共有教授1名，副教授3名，讲师和工程师4名。