秦三十六郡，是中国秦汉史中一个常提到的行政区划用词。和汉十三部一样都是表明一代行政区划的。

《史记·秦本纪》和《史记·秦始皇本纪》都提到始皇二十六年(前221)初并天下为三十六郡，但没有列举三十六郡的名目。《秦始皇本纪》又提到三十三年“略取陆梁地(指五岭以南地)，为桂林、象郡、南海”。但《史记》没有一处讲到秦末共有多少郡。因此，关于秦郡的设置经过和郡的名目，长期以来史学界存在着多种不同的说法。

《汉书·地理志》在京兆尹下注曰“故秦内史”，在各郡国下注称“秦置”、“秦郡”或“故秦某郡”的，有如下三十六郡： 河东 太原 上党 三川 东郡 颍川 南阳 南郡 九江 泗水 巨鹿 齐郡 琅邪 会稽 汉中 蜀郡 巴郡 陇西 北地 上郡 九原 云中 雁门 代郡 上谷 渔阳 右北平 辽西 辽东 南海 桂林 象郡 邯郸 砀郡 薛郡 长沙

在后序里又说：“本秦京师为内史，分天下作三十六郡，汉兴，以其郡[太]大，稍复开置。”可见班固认为管辖京师及其附近地区的内史是不在三十六郡之内的；三十六郡是秦一代的郡数，包括始皇三十三年所置南海、桂林、象三郡在内，到汉兴以后才有所增置。

汉晋时《说文》、《风俗通》、《吕氏春秋》、《淮南子》的高诱注和《帝王世纪》等书，都说秦分三十六郡，不提另有他郡，与《汉志》同；但他们都没有列出三十六郡的名目。

《续汉书·郡国志》后序也说汉“承秦三十六郡”，与《汉志》同；但它在各郡国下的注文里却比《汉志》多出现了黔中、鄣两个秦郡，开始突破了《汉志》的说法。继而《史记·秦始皇本纪》裴骃《集解》列举三十六郡名目，其中三十三郡与《汉志》相同，此外即采用了《续志》的黔中、鄣二郡，又把内史也算一郡，凑足三十六郡，而不列见于《汉志》的南海、桂林、象三郡。这就明确否定了《汉志》的说法，认为三十六是始皇二十六年的郡数，南海等三郡后置，应排除在外，秦一代的郡数不止三十六。

《晋书·地理志》在序文里继承《史记集解》之说而又加以发展，其所举秦初并天下三十六郡的名目与《集解》同，又说在此后南平南越，增置了闽中、南海、桂林、象四郡，合计秦凡四十郡。

自此以后直到清初，杜佑《通典》、王应麟《通鉴地理通释》、胡三省《通鉴注》、顾祖禹《读史方舆纪要》等书都采用了《晋志》的说法，无异说。

明张岱所著《夜航船》这样记载：始皇初并天下，罢诸侯，置守尉，遂分天下为三十六郡，每郡置一守、一丞、两尉以典之。郡名曰内史、三川、河东、南阳、南郡、九江、鄣郡、会稽、颍川、砀郡、泗水、薛郡、东郡、琅琊、齐邵 谷、淦阳、北平、辽西、辽东、代郡、巨鹿、邯郸、上党、太原、云中、九原、雁门、上郡、陇西、北地、汉中、巴郡、蜀郡、黔中、长沙。后又置闽中、南海、桂林、象郡四郡。凡四十郡。

清代考据渐多，多数人认为《汉志》、《晋志》都有脱漏；三十六是秦初并天下时的郡数，其后续有增置。但初并天下时是哪三十六郡？后来又增加了哪些郡？秦末共有哪些郡？则诸家之说又各不相同，在此不遑备举。诸说中以清全祖望《汉书地理志稽疑》、近人王国维《观堂集林·秦郡考》两家影响较大，他们都认为南海、桂林、象、九原四郡不应在初并天下时三十六郡之内。全祖望以黔中、广阳、东海、楚郡补足三十六郡，合后置的南海、桂林、象、闽中、九原共得四十一郡，而内史不在内。王国维以黔中、闽中、陶、河间补足三十六郡，以广阳、胶东、胶西、济北、博阳、城阳、南海、桂林、象郡、九原、陈郡、东海十二郡为后置郡，共得四十八郡，内史亦不在内。

1948年谭其骧发表《秦郡新考》，核实内史以外秦郡凡得四十六。其中三十二郡名见《汉志》，为秦初并天下时所有，它们是：

上郡 巴郡 汉中 蜀郡 河东 陇西 北地 南郡 南阳 上党 三川 太原 东郡 云中 雁门 颍川 邯郸 巨鹿 上谷 渔阳 右北平 辽西 砀郡 泗水 薛郡 九江 辽东 代郡 会稽 长沙 齐郡 琅邪

黔中、广阳、陈郡、闽中四郡补《汉志》之缺，连上合得三十六郡，《史记》谓始皇二十年分天下为三十六郡即此。南海、桂林、象郡、九原四郡名见《汉志》，始皇三十三年开胡、越所置。东海、常山、济北、胶东、河内、衡山六郡，《汉志》缺，始皇二十六年后析内郡所置。作者系根据《史》、《汉》纪传将上述四十六郡断为秦郡，但又说：这不等于说秦郡一定就限于这四十六个，因为《史记》既没有为秦郡县作志，秦一代的郡不见得能全部见于纪传。鄣郡见于《汉书·高帝纪》六年而《续汉志》以为秦郡，《水经赣水注》以南昌为秦庐江南部，故鄣与庐江都有可能也是秦郡。据此，可见谭说也承认秦末可能有四十八郡，与王国维的推论符合；唯两家的四十八郡郡目则有所不同，王说有陶、河间、胶西、博阳、城阳，为谭说所无，谭说有常山、河内、衡山、鄣、庐江，为王说所无。近年来，史学界讲到秦郡时有的采用谭其骧说，有的仍用《晋志》或王国维说。至于谭说四十六郡的辖境，见其《秦郡界地考》一文。

虽然众说纷纭，但是“秦三十六郡”这个最初的数据，作为郡县制在全国成功推广的标志，流传最广。