某种氨基酸的亲水指数（hydropathy index） 是一个描述其支链的亲水性或疏水性程度大小的值。“亲水指数”于1982年被Jack Kyte与Russell Doolittle提出。亲水指数越大，这种氨基酸的疏水性就越强。

亲水指数是根据蒸汽至水相转移的ΔtrGm以及在形成蛋白质时氨基酸在表面和内部的分布测算的。疏水性最强的两种氨基酸分别是异亮氨酸（亲水指数为4.5）与缬氨酸（亲水指数为4.2）；亲水性最强的两种氨基酸分别是精氨酸（亲水指数为-4.5）和赖氨酸（亲水指数为-3.9）。亲水指数在蛋白质结构的研究中十分重要。具有疏水性的氨基酸在蛋白质的三维结构中趋向于朝向内部，而具有亲水性的氨基酸更常以朝蛋白质表面的状态被发现。