祁连褶皱系（Qilian fold system）为一加里东地槽褶皱系。寒武、奥陶系有发育良好的蛇绿岩套，志留系为复理石，志留纪末结束地槽型海相沉积并经受强烈褶皱，晚古生代和三叠纪在南祁连有发育良好的沉积盖层。中、新生代以来，经受印支、燕山运动特别是喜马拉雅运动的强烈改造。在青海拉脊山见寒武系火山岩逆掩于新近系红层之上，在河西走廊玉门红柳峡见侏罗系逆掩于第四纪砾石层之上，说明直至最新地质时期，本区还曾经受强大的水平挤压。