齐齐哈尔大学档案馆成立于2001年1月，是由常务副校长分管的具有档案行政管理和档案业务管理与服务双重职能部门。业务受黑龙江省教育厅和齐齐哈尔档案局指导、监督和检查。基本任务是：贯彻执行国家有关档案工作的法令、政策和规定，规划全校档案工作；制定本校档案工作的规章制度，并负责监督、指导和检查；统一管理本校各部门的档案工作，根据国家有关规定和标准确定本校档案工作的归档范围、分类标准、保管期限和整理规则，负责接收（征集）、整理、鉴定、统计、保管、开放和利用全校各类档案及有关资料；组织实施档案的信息化建设，负责电子文件归档和电子档案的规范化管理；编制检索工具、编研档案史料和参考资料，多形式深层次开发档案信息资源；明确档案工作岗位职责，对全校专（兼）职工作人员和有关业务人员进行档案业务培训，开展学术研究和宣传教育活动；完成上级部门和学校领导交办的其他任务。

齐齐哈尔大学档案馆位于学校中区图书馆5楼，建筑面积1250平方米，设有库房3个，（使用面积为390平方米，其中2个密集库房面积为236平方米）及陈列室、整理室、阅档室、信息处理室、声像阅档室、办公室、休息室等。初步形成了局域电子信息处理网络。启动了档案信息化建设工作。档案信息化建设已纳入学校信息化建设的总体规划中同步发展。现有工作人员8人，其中具有副高级职务人员2人、中级5人、初级1人。实行岗位分工责任制与互相协作相结合的工作模式，严守服务承诺。

齐齐哈尔大学档案馆现存有6个全宗档案和1个人事档案室，集中保管档案资料共47374卷，其中包括党群、行政、教学、科研、人事、纪检、出版、外事、设备、财会、产品生产与科技开发、声像等十三大类档案。学校档案网络覆盖各学院及有关单位，对二级档案室有培训、指导与检查的职责。

齐齐哈尔大学档案馆2005年获科技事业档案管理省级标兵单位称号，2006年获市档案工作执法检查优秀单位称号。