农超对接信息服务系统是由商务部2010年4月1日启动的，是为了规范“农超对接”项目管理。该系统用于实现“农超对接”项目网上申请、审核、验收及监督。地市级商务主管部门通过系统对其辖区内的“农超对接”项目进行申请；省级商务主管部门通过系统对本省“农超对接”项目进行审核及验收；项目承办企业通过系统报送项目建设进度及企业基本经营情况。