宁夏医科大学研究生部是集教学与管理为一体的部门，负责研究生的招生、教育教学管理、党建思政教育、就业指导工作；协助学校学位委员会完成硕士学位授予工作。下设综合办公室、招生学位办公室。 学校于2002年成立研究生处。2004年12月，学校实行二级学院管理体制，为加强研究生教育和管理，提高研究生培养质量，成立研究生部。2005年初，成立研究生部党总支，现有14个党支部，其中研究生党员172 名。

学校研究生教育始自1978年。1986年以来，生理学、药理学、人体解剖与组织胚胎学、影像医学与核医学、内科学、外科学、劳动卫生与环境卫生学等学科相继获硕士学位授予权。2000年内科学和外科学由三级学科扩大为二级学科，并取得临床医学专业学位试点单位、在职人员以同等学力授予硕士学位单位。目前拥有1个一级学科（临床医学）、28个二级学科硕士学位授权点。现已累计招收硕士研究生1050人。先后遴选硕士研究生导师共216名，组成了一支专业、年龄、学历和职称结构合理的导师队伍。

近年来，研究生部紧紧围绕学校党委中心工作和学校建设发展目标，加快研究生教育改革步伐，自2002级研究生开始，实行了学分制管理，建立了中期考核、论文开题报告、临床专业技能考核、预答辩等一系列管理制度和规定，逐步形成了一套科学有效的研究生培养体系。

按照学校“十一五”发展规划的要求，正在积极整合学科优势，申报博士学位授予单位，争取实现博士点“零”的突破。